Совет Глав государств-учредителей МФСА является высшим органом МФСА. Заседания Совета проводятся по согласованию между Главами государств.
Саммиты Глав государств-учредителей МФСА
| Дата проведения | Место | Совместный документ |
| 4 января 1993г. | г. Ташкент, Узбекистан | Совместное коммюнике Глав государств Центральноазиатского региона |
| 26 марта 1993г. | г. Кызылорда, Казахстан | |
| 11 января 1994г. | г. Нукус, Узбекистан | |
| 3 марта 1995г. | г. Дашовуз, Туркменистан | Совместное заявление Президентов Республики Казахстан, Кыргызской Республики, Республики Таджикистан, Туркменистана и Республики Узбекистан |
| 20 сентября 1995г. | г. Нукус, Узбекистан | Нукусская декларация |
| 28 февраля 1997г. | г. Алматы, Казахстан | Алматинская декларация |
| 9 апреля 1999г. | г. Ашхабад, Туркменистан | Ашхабадская декларация |
| 28 декабрь 2001г. | г. Ташкент, Узбекистан | Ташкентское заявление |
| 6 октября 2002г. | г. Душанбе, Таджикистан |
Совместное коммюнике глaв госудaрств Республики Кaзaхстaн, Кыргызской Республики, Республики Тaджикистaн и Республики Узбекистaн Душанбинская декларация |
| 28 апреля 2009г. | г. Алматы, Казахстан | Совместное заявление Глав государств-учредителей Международного Фонда спасения Арала |
| 24 августа 2018г. | г. Туркменбаши, Туркменистан |
Совместное коммюнике Совета Глав государств–учредителей МФСА Совместное Заявление по итогам Консультативной встречи Глав государств Центральной Азии |
| 15 сентября 2023г. |
г. Душанбе, Таджикистан |
Душанбинское заявление Глав государств-учредителей Международного Фонда спасения Арала |
Управление Фондом осуществляется Правлением, в состав которого входят заместители Премьер-министров государств-учредителей. Правление Фонда производит свои заседания не реже двух раз в год. Государства-учредители могу вносить предложения о проведении дополнительных заседаний Правления.