Совет Глав государств-учредителей МФСА является высшим органом МФСА. Заседания Совета проводятся по согласованию между Главами государств.
Совет Глав государств вырабатывает и рекомендует политику по приведению производственных сил региона в соответствие с его природно-ресурсным потенциалом, рекомендует к утверждению межгосударственные правовые и нормативные акты, общие для всех государств региона принципы управления, использования и охраны водных ресурсов, регулирует межгосударственные отношения в области водохозяйственной и природоохранной деятельности.
Совет Глав государств также назначает Президента МФСА на определённый срок, принимает решение о ликвидации, реорганизации или переводе Исполкома МФСА в другое государство. По решению Совета Глав государств может быть прекращена деятельность МФСА.
Саммиты Глав государств-учредителей МФСА
| Страна | Дата и место | Совместный документ | Решения |
| Таджикистан | 15 сентября 2023г., г.Душанбе |
Душанбинское заявление Глав государств-учредителей Международного Фонда спасения Арала | |
|
Туркменистан |
24 августа 2018г., г.Туркменбаши |
Совместное коммюнике Совета Глав государств-учредителей МФСА |
|
|
Казахстан |
28 апреля 2009г., г.Алматы | Совместное заявление Глав государств-учредителей Международного Фонда спасения Арала |
|
|
Таджикистан |
6 октября 2002г., г.Душанбе |
Совместное коммюнике глaв госудaрств Республики Кaзaхстaн, Кыргызской Республики, Республики Тaджикистaн и Республики Узбекистaн Душанбинская декларация |
|
|
Узбекистан |
28 декабря 2001г., г.Ташкент |
|
|
|
Туркменистан |
9 апреля 1999г., г.Ашхабад |
|
|
|
Казахстан |
28 февраля 1997г., г.Алматы |
|
|
|
Узбекистан |
20 сентября 1995г., г.Нукус |
|
|
|
Туркменистан |
3 марта 1995г., г.Дашогуз |
Совместное заявление Президентов Республики Казахстан, Кыргызской Республики, Республики Таджикистан, Туркменистана и Республики Узбекистан |
|
|
Узбекистан |
11 января 1994г., г.Нукус |
|
|
| Казахстан | 26 марта 1993г., г.Кызылорда |
Соглашение о совместных действиях по решению проблемы Аральского моря и Приаралья, экологическому оздоровлению и обеспечению социально-экономического развития Аральского региона |
|
|
Узбекистан |
4 января 1993г., г.Ташкент |
Совместное коммюнике Глав государств Центральноазиатского региона |
|
Управление Фондом осуществляется Правлением, в состав которого входят заместители Премьер-министров государств-учредителей. Правление Фонда производит свои заседания не реже двух раз в год. Государства-учредители могу вносить предложения о проведении дополнительных заседаний Правления.