Мировое сообщество признало экологический кризис в бассейне Аральского моря крупнейшей экологической катастрофой прошлого века с тяжелыми социально-экономическими последствиями для населения субрегиона с численностью свыше 50 миллионов человек.
С целью преодоления экологического кризиса и улучшения социально-экономического положения в бассейне Аральского моря в 1994 году Главами государств Центральной Азии была принята первая «Программа бассейна Аральского моря» (ПБАМ-1). Основной задачей МФСА было привлечение средств пяти государств Центральной Азии и международного сообщества доноров для финансирования ПБАМ.
За время существования МФСА было реализовано три программы для решения проблем Арала: ПБАМ-1 1994-1999 гг.; ПБАМ-2 2003-2010 гг.; и ПБАМ-3 2011-2015 гг.
Действующая на сегодня программа ПБАМ-4 (2021-2030 гг.) нацелена на продолжение прогресса, достигнутого в ходе предыдущих Программ бассейна Аральского моря.