Правление Фонда создано и действует на основе принципиальной схемы управления Международным Фондом спасения Арала, одобренной Главами государств Центральной Азии от 28 февраля 1997 г. в г. Алматы и Регламенту работы Правления Международного Фонда спасения Арала и Ревизионной комиссии.
Правление МФСА образовывается по предложению Правительств государств Центральной Азии и по решению Президента МФСА. В состав Правления входят по одному представителю в ранге заместителя Премьер-министра от каждого государства.
Основные задачи Правления Фонда:
- организация и координация реализации всех региональных проектов и программ, связанных с проблемами устойчивого развития в странах бассейна Аральского моря;
- оказание содействия и правительственной поддержки на территориях государств-учредителей МФСА странам-донорам, международным организациям, юридическим и физическим лицам, изъявившим желание участвовать в решении проблем Аральского моря;
- определение и рассмотрение краткосрочных и долгосрочных приоритетных задач по оздоровлению экологической и эпидемиологической обстановки в странах Центральной Азии и неотложной помощи населению Приаралья.
- Члены Правления МФСА утверждают региональные программы, сметно-финансовые документы, руководителей программ и проектов, рассматривают и совместно с Исполкомом принимают необходимые решения по текущим вопросам, не требующим специального решения МФСА.
Заседания Правления МФСА
Заседания Правления МФСА проводятся не реже 2 раз в год. Место и дату проведения определяет Президент МФСА.
| Года | Страна | № | Даты и место заседаний | Решения Правления |
| 2024-2026 | Казахстан | 24. | 18 сентября 2024, Астана | Материалы с заседания |
| 2020-2023 | Таджикистан |
23. 22. 21. 20. |
28 ноября 2022, Душанбе 22 февраля 2022, Душанбе 29 июня 2021, Душанбе |
|
| 2017-2019 |
Туркменистан |
19. 18. |
23 августа 2018, Туркменбаши 30 января 2018, Ашхабад |
|
| 2009-2012 |
Казахстан |
17. 16. 15. |
15 мая 2012, Алматы 15 декабря 2010, Алматы 3 декабря 2009, Алматы |
|
| 2002-2008 |
Таджикистан |
14. 13. 12. 11. 10. 9. 8. 7. 6. |
20 ноября 2007, Душанбе 24 апреля 2007, Душанбе 30 июня 2006, Душанбе 28 мая 2005, Душанбе 15 ноября 2004, Душанбе 27 марта 2004, Душанбе 28 августа 2003, Душанбе 13 апреля 2003, Душанбе 23 августа 2002, Душанбе |
|
| 1999-2001 |
Туркменистан |
5. |
4 февраля 2000, Ашхабад |
|
| 1997-1999 |
Узбекистан |
4. 3. 2. 1. |
30 сентября 1998, Ташкент 12 марта 1998, Ташкент 11 сентября 1997, Ташкент 29 мая 1997, Ташкент |